Arrêt maladie : combien touche-t-on vraiment ? Calcul des indemnités journalières, jours de carence et complément de l'employeur

Une angine carabinée, une semaine d’arrêt prescrite par le médecin, et l’impression que la question financière est réglée : la Sécurité sociale paiera. À la fin du mois, la fiche de paie raconte une autre histoire. Trois jours n’ont pas été indemnisés du tout, les suivants l’ont été à moitié, et le salaire du mois a fondu de plusieurs centaines d’euros. Beaucoup de salariés découvrent à cette occasion le fonctionnement des indemnités journalières.

Les règles sont pourtant précises, détaillées par Service-Public. Elles combinent trois étages : l’indemnité de la Sécurité sociale, le délai de carence et, sous conditions, le complément versé par l’employeur. Depuis le 1er avril 2025, un plafond plus bas réduit en outre l’indemnisation des salaires moyens et élevés.

Qui a droit aux indemnités journalières

Toutes les personnes en arrêt ne sont pas indemnisées. Pour un arrêt de six mois au plus, le salarié doit remplir l’une de deux conditions au jour de l’arrêt : avoir travaillé au moins 150 heures au cours des trois mois civils ou des 90 jours précédents, ou avoir cotisé sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le Smic horaire au cours des six mois civils précédents. Ces règles valent pour le temps complet comme pour le temps partiel. Des conditions spécifiques existent pour le travail discontinu ou saisonnier, et pour les arrêts de plus de six mois, qui exigent notamment douze mois d’affiliation.

Deux pièges récents méritent l’attention. En téléconsultation, lorsque l’arrêt n’est pas prescrit par le médecin traitant ou une sage-femme, il ne peut pas dépasser trois jours, renouvellement compris : au-delà, aucune indemnité n’est versée. Et pour les arrêts sur papier, seul le formulaire Cerfa sécurisé, doté d’une étiquette holographique, est accepté. Les photocopies, les scans et les anciens formulaires ne sont plus recevables, et l’arrêt peut être rejeté.

Le calcul : la moitié du salaire, dans la limite d’un plafond

L’indemnité journalière versée par l’Assurance maladie correspond à 50 % du salaire journalier de base. Pour un salarié payé au mois, ce salaire de base se calcule en additionnant les trois derniers salaires bruts perçus avant l’arrêt, puis en divisant le total par 91,25, soit le nombre moyen de jours dans trois mois.

Service-Public donne un exemple. Avec 2 000 euros bruts par mois, les trois derniers salaires totalisent 6 000 euros. Divisé par 91,25, on obtient un salaire journalier de base de 65,75 euros, et donc une indemnité de 32,87 euros bruts par jour.

Le plafond change tout pour les salaires plus élevés. Le salaire pris en compte est limité à 1,4 fois le Smic mensuel en vigueur, soit 2 613,82 euros par mois en 2026. Le salaire journalier de base ne peut donc pas dépasser 85,93 euros, et l’indemnité 42,97 euros bruts par jour. Pour les arrêts commencés avant le 1er avril 2025, le plafond était de 1,8 fois le Smic : un salarié payé 3 500 euros bruts voyait alors 3 243,24 euros pris en compte.

Salaire brut mensuel	Salaire journalier de base retenu	Indemnité journalière brute
2 000 euros	65,75 euros	32,87 euros
2 613,82 euros et plus	85,93 euros, plafond	42,97 euros, plafond

Au-delà d’environ 2 600 euros bruts par mois, l’indemnité de la Sécurité sociale n’augmente plus : chaque euro de salaire supplémentaire est perdu pendant l’arrêt, sauf maintien par l’employeur.

Point souvent ignoré, les indemnités sont dues pour tous les jours calendaires, samedis et dimanches compris. Elles sont versées tous les quatorze jours par la caisse primaire d’assurance maladie, ou par la MSA pour le régime agricole, avec un relevé téléchargeable.

Trois jours de carence, et leurs exceptions

L’Assurance maladie ne paie rien pendant les trois premiers jours de chaque arrêt : c’est le délai de carence. Pour un arrêt débutant le 1er juillet, les indemnités commencent le 4 juillet. Un arrêt de trois jours n’ouvre donc droit à aucune indemnité de la Sécurité sociale.

Il existe deux exceptions. La carence ne s’applique pas si la reprise du travail entre deux arrêts n’a pas dépassé 48 heures, ni pour des arrêts successifs liés à une même affection de longue durée. Les jours de carence comptent par ailleurs dans la durée de l’arrêt pour la retraite : pour les arrêts longs, un trimestre est validé par tranche de 60 jours indemnisés, dans la limite de quatre par an.

Les indemnités ne sont pas illimitées non plus. Dans le cas général, un salarié peut percevoir au maximum douze mois d’indemnités sur une période de trois ans consécutifs. En cas d’affection de longue durée, cette durée est portée à trois ans.

Le complément de l’employeur, selon l’ancienneté

Pour limiter la perte de revenus, le Code du travail impose à l’employeur de compléter les indemnités de la Sécurité sociale, sous plusieurs conditions cumulatives. Il faut au moins un an d’ancienneté, transmettre le certificat médical à l’employeur dans les 48 heures, être soigné en France ou dans un pays de l’Espace économique européen, et ne pas être travailleur à domicile, salarié saisonnier, intermittent ou temporaire.

Ce complément légal a son propre délai de carence : sept jours. Il n’est donc versé qu’à partir du huitième jour d’arrêt, sauf convention collective plus favorable, et dès le premier jour en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle. Il garantit d’abord 90 % du salaire brut, puis 66,66 %, pendant une durée qui augmente avec l’ancienneté. Le montant versé par l’employeur se calcule après déduction des indemnités de la Sécurité sociale et des éventuelles prestations de prévoyance.

Ancienneté	Durée maximale du complément	Répartition
1 à 5 ans	60 jours	30 jours à 90 %, puis 30 jours à 66,66 %
6 à 10 ans	80 jours	40 jours à 90 %, puis 40 jours à 66,66 %
11 à 15 ans	100 jours	50 jours à 90 %, puis 50 jours à 66,66 %
16 à 20 ans	120 jours	60 jours à 90 %, puis 60 jours à 66,66 %
21 à 25 ans	140 jours	70 jours à 90 %, puis 70 jours à 66,66 %
26 à 30 ans	160 jours	80 jours à 90 %, puis 80 jours à 66,66 %
31 ans et plus	180 jours	90 jours à 90 %, puis 90 jours à 66,66 %

Les jours déjà indemnisés par l’employeur au cours des douze mois précédents sont déduits. Beaucoup de conventions collectives prévoient mieux, jusqu’au maintien intégral du salaire, parfois sans carence : c’est le premier document à consulter. En contrepartie de ce complément, l’employeur peut organiser une contre-visite médicale.

Sorties, contrôles : les obligations pendant l’arrêt

Être en arrêt ne signifie pas être libre de ses journées. Selon Service-Public, tout dépend de ce que le médecin a indiqué sur l’arrêt de travail. Il peut interdire les sorties, si l’état de santé ne les permet pas. Il peut les autoriser avec des horaires de présence : le salarié doit alors être chez lui de 9 heures à 11 heures et de 14 heures à 16 heures, y compris les samedis, dimanches et jours fériés, sauf pour des soins ou des examens médicaux. Il peut enfin autoriser les sorties libres, en indiquant sur l’arrêt les éléments médicaux qui le justifient.

Même avec des sorties autorisées, le salarié doit limiter ses déplacements en fonction de son état de santé. L’Assurance maladie comme l’employeur peuvent effectuer des contrôles pour vérifier que l’arrêt est médicalement justifié et que les obligations sont respectées. Si les indemnités sont réduites à la suite d’une sanction de la caisse, l’employeur calcule tout de même son complément sur le montant intégral des indemnités.

Un dernier conseil, valable pour les petits maux de l’hiver : un rhume ou une grippe se soignent avant tout par le repos, et les antibiotiques n’y peuvent rien. Mieux vaut vérifier sa convention collective et sa prévoyance avant d’en avoir besoin, pour savoir précisément ce que coûtera un arrêt, plutôt que de le découvrir sur sa fiche de paie.